納稅人按規(guī)定預繳土地增值稅后，清算補繳的土地增值稅，在主管稅務機關(guān)規(guī)定的期限內(nèi)補繳的，不加收滯納金。
1.年度匯算清繳和項目清算的差異(執(zhí)行的政策不同)
房地產(chǎn)企業(yè)所得稅是按年就企業(yè)整個年度全部所得納稅，因此，需要按年度進行匯算清繳。年度內(nèi)企業(yè)有所得就納稅，有虧損不納稅，今后年度實現(xiàn)的所得可以按規(guī)定彌補以前年度虧損。對于有完工前開發(fā)產(chǎn)品預售收入的企業(yè)，其預售收入也要按規(guī)定的預計毛利率預計毛利額計入當期應納稅所得額繳納年度房地產(chǎn)企業(yè)所得稅，而不是預繳稅款。
土地增值稅實行的是項目單位清算，清算之前屬于預繳稅款。當開發(fā)項目達到國家稅務總局關(guān)于印發(fā)《土地增值稅清算管理規(guī)程》的通知（國稅發(fā)[2009]91號）規(guī)定清算條件時，再進行清算。清算時，將清算項目的各年度收入全部匯總，減除該清算項目全部扣除項目金額后，按規(guī)定計算土地增值稅。計算全部項目應繳納的土地增值稅后，再減除原來各年度預繳的土地增值稅，多退少補。
2.成本核算對象與清算項目的差異
土地增值稅清算時，按項目單位進行清算?！?/span>國家稅務總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)[2006]187號）規(guī)定，土地增值稅以國家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項目為單位進行清算，對于分期開發(fā)的項目，以分期項目為單位清算。開發(fā)項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。
房地產(chǎn)企業(yè)所得稅對開發(fā)產(chǎn)品成本核算時，不是按清算單位進行核算，而是要按六項原則劃分成本對象進行核算。國家稅務總局關(guān)于印發(fā)《房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營業(yè)務企業(yè)所得稅處理辦法》的通知（國稅發(fā)[2009]31號）第第二十六條規(guī)定，計稅成本對象的確定原則有：可否銷售原則、分類歸集原則、功能區(qū)分原則、定價差異原則、成本差異原則和權(quán)益區(qū)分原則。成本對象由企業(yè)在開工之前合理確定，并報主管稅務機關(guān)備案。成本對象一經(jīng)確定，不能隨意更改或相互混淆，如確需改變成本對象的，應征得主管稅務機關(guān)同意。
3.共同成本間接成本計算分攤方法差異
企業(yè)所得稅法規(guī)定，共同成本和不能分清負擔對象的間接成本，應按受益的原則和配比的原則分配至各成本對象，具體分配方法有占地面積法、建筑面積法、直接成本法和預算造價法。其中，土地成本一般按占地面積法進行分配；單獨作為過渡性成本對象核算的公共配套設施開發(fā)成本，應按建筑面積法進行分配；借款費用按直接成本法或按預算造價法進行分配；其他成本項目的分配法由企業(yè)自行確定。
而在土地增值稅項目清算時，對于清算單位共同負擔的扣除項目分攤方法相對簡單，且可由納稅人自行選擇?！?/span>土地增值稅暫行條例實施細則》第九條規(guī)定，納稅人成片受讓土地使用權(quán)后，分期分批開發(fā)、轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的，其扣除項目金額的確定，可按轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的面積占總面積的比例計算分攤，或按建筑面積計算分攤，也可按稅務機關(guān)確認的其他方式計算分攤。國稅發(fā)[2006]187號規(guī)定，屬于多個房地產(chǎn)項目共同的成本費用，應按清算項目可售建筑面積占多個項目可售總建筑面積的比例或其他合理的方法，計算確定清算項目的扣除金額。因此，在主管稅務機關(guān)沒有特別規(guī)定的情況下，納稅人可以選擇任一種有利的扣除項目分攤方法。
4.項目營銷設施建造費用的差異
在房地產(chǎn)企業(yè)所得稅計算時，企業(yè)營銷設施的建造費計入開發(fā)成本中的開發(fā)間接費用。國稅發(fā)[2009]31號第二十七條規(guī)定，開發(fā)間接費，指企業(yè)為直接組織和管理開發(fā)項目所發(fā)生的，且不能將其歸屬于特定成本對象的成本費用性支出。主要包括管理人員工資、職工福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護費、工程管理費、周轉(zhuǎn)房攤銷以及項目營銷設施建造費等。而在計算土地增值稅時，項目營銷設施建造費應作為銷售費用處理，不計入開發(fā)成本中，不允許作為加計扣除的基數(shù)?！?/span>土地增值稅暫行條例實施細則》第七條關(guān)于扣除項目中的開發(fā)成本中規(guī)定，開發(fā)間接費用，是指直接組織、管理開發(fā)項目發(fā)生的費用，包括工資、職工福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護費、周轉(zhuǎn)房攤銷等。
5.配套設施的地下停車場所成本的差異
屬于配套設施的地下停車場所，在計算房地產(chǎn)企業(yè)所得稅時，其成本由地上開發(fā)產(chǎn)品承擔。國稅發(fā)[2009]31號第三十三條規(guī)定，企業(yè)單獨建造的停車場所，應作為成本對象單獨核算。利用地下基礎(chǔ)設施形成的停車場所，作為公共配套設施進行處理。按此規(guī)定，作為配套設施的停車場所，其成本經(jīng)二次分配給地上開發(fā)產(chǎn)品后，其成本為零。
土地增值稅清算時，作為配套設施的停車場所，轉(zhuǎn)讓時，其成本可以扣除；不轉(zhuǎn)讓時，其成本不得計算為扣除項目。國稅函〔2010〕220號第三條第（二）項同時規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)將開發(fā)的部分房地產(chǎn)轉(zhuǎn)為企業(yè)自用或用于出租等商業(yè)用途時，如果產(chǎn)權(quán)未發(fā)生轉(zhuǎn)移，不征收土地增值稅，在稅款清算時不列收入，不扣除相應的成本和費用。該文第四條第（三）項規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開發(fā)建造的與清算項目配套的居委會和派出所用房、會所、停車場（庫）、物業(yè)管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學校、幼兒園、托兒所、醫(yī)院、郵電通訊等公共設施，按以下原則處理：建成后產(chǎn)權(quán)屬于全體業(yè)主所有的，其成本、費用可以扣除；建成后無償移交給政府、公用事業(yè)單位用于非營利性社會公共事業(yè)的，其成本、費用可以扣除；建成后有償轉(zhuǎn)讓的，應計算收入，并準予扣除成本、費用。
6.借款利息費用分攤計算的差異
在計算房地產(chǎn)企業(yè)所得稅時，為建造開發(fā)產(chǎn)品發(fā)生的借款利息費用，其資本化部分應按規(guī)定計入開發(fā)計稅成本。而在土地增值稅項目清算時，利息費用不得計入扣除項目中的開發(fā)成本中，應調(diào)整作為財務費用中的利息費用處理。《國家稅務總局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）第三條第（四）項規(guī)定，土地增值稅清算時，已經(jīng)計入房地產(chǎn)開發(fā)成本的利息支出，應調(diào)整至財務費用中計算扣除。
7.期間費用與開發(fā)費用的差異
企業(yè)每年度實際發(fā)生的管理費用、財務費用和銷售費用等期間費用，允許按稅法規(guī)定據(jù)實稅前扣除。但在土地增值稅清算時，由于清算項目一般是跨年度的，其開發(fā)費用（與房地產(chǎn)開發(fā)項目有關(guān)的銷售費用、管理費用、財務費用）不再按年度匯總計算，而是按照一定方法和比例計算扣除。國稅函〔2010〕220號第三條就房地產(chǎn)開發(fā)費用的扣除問題規(guī)定：（一）財務費用中的利息支出，凡能夠按轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)項目計算分攤并提供金融機構(gòu)證明的，允許據(jù)實扣除，但最高不能超過按商業(yè)銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產(chǎn)開發(fā)費用，在按照“取得土地使用權(quán)所支付的金額”與“房地產(chǎn)開發(fā)成本”金額之和的5%以內(nèi)計算扣除。（二）凡不能按轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構(gòu)證明的，房地產(chǎn)開發(fā)費用在按“取得土地使用權(quán)所支付的金額”與“房地產(chǎn)開發(fā)成本”金額之和的10%以內(nèi)計算扣除。
8.預提費用的差異
房地產(chǎn)企業(yè)所得稅匯算清繳時，可以按規(guī)定預提三項費用。國稅發(fā)[2009]31號第三十二條規(guī)定，出包工程未最終辦理結(jié)算而未取得全額發(fā)票的，在證明資料充分的前提下，其發(fā)票不足金額可以預提，但最高不得超過合同總金額的10％；公共配套設施尚未建造或尚未完工的，可按預算造價合理預提建造費用；應向政府上交但尚未上交的報批報建費用、物業(yè)完善費用可以按規(guī)定預提。而國稅發(fā)[2006]187號第四條第（四）項規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)的預提費用，除另有規(guī)定外，不得扣除。
9、土地閑置費在企業(yè)所得稅和土地增值稅稅前扣除差異
《國家稅務總局關(guān)于印發(fā)〈房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營業(yè)務企業(yè)所得稅處理辦法〉的通知》（國稅發(fā)[2009]31號）第二十七條規(guī)定，開發(fā)產(chǎn)品計稅成本支出的內(nèi)容如下：
（一）土地征用費及拆遷補償費。指為取得土地開發(fā)使用權(quán)（或開發(fā)權(quán)）而發(fā)生的各項費用，主要包括土地買價或出讓金、大市政配套費、契稅、耕地占用稅、土地使用費、土地閑置費、土地變更用途和超面積補交的地價及相關(guān)稅費、拆遷補償支出、安置及動遷支出、回遷房建造支出、農(nóng)作物補償費、危房補償費等。
《國家稅務總局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）第四條規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)逾期開發(fā)繳納的土地閑置費不得扣除。
根據(jù)上述規(guī)定，土地閑置費可以作為開發(fā)成本在企業(yè)所得稅前據(jù)實扣除，但不能在土地增值稅前扣除。
房地產(chǎn)企業(yè)所得稅與土地增值稅除上述主要差異外，還存在其他微小的區(qū)別。