企業(yè)所得稅優(yōu)惠備案是指企業(yè)根據(jù)《企業(yè)所得稅優(yōu)惠事項備案管理目錄》，自行判斷符合稅收優(yōu)惠條件的，可以自行享受優(yōu)惠，并履行備案手續(xù)。年度終了匯算清繳結束后，稅務機關根據(jù)備案資料等進行審核，實施后續(xù)管理。企業(yè)享受備案類稅收優(yōu)惠，應當具備相應的資質(zhì)，并履行規(guī)定的備案手續(xù)。那么，如果企業(yè)沒有在限期內(nèi)按照相關規(guī)定進行備案，是否還能享受稅收優(yōu)惠呢？我們通過兩個案例來和大家進行探討。
一、特殊性重組業(yè)務稅務處理案例分析
（一）案例介紹：
某企業(yè)因為沒有履行特殊性重組業(yè)務稅收備案程序，被主管稅務機關要求就其股權轉(zhuǎn)讓所得補繳稅款及滯納金共計1200萬元。該公司商業(yè)目的合理，且同時符合特殊性稅務處理的實質(zhì)條件,但沒有事先履行書面?zhèn)浒赋绦?。稅務機關最終認定該公司不符合特殊性稅務處理條件，要求其按照股權轉(zhuǎn)讓一般性稅務處理的適用政策和程序補繳稅款及滯納金。
（二）處理依據(jù)：
1.《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）第十一條：企業(yè)發(fā)生符合本通知規(guī)定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業(yè)務完成當年企業(yè)所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面?zhèn)浒纲Y料，證明其符合各類特殊性重組規(guī)定的條件。企業(yè)未按規(guī)定書面?zhèn)浒傅?，一律不得按特殊重組業(yè)務進行稅務處理。
2.《企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅管理辦法》（稅務總局公告2010年第4號）第十六條：企業(yè)重組業(yè)務，符合《通知》規(guī)定條件并選擇特殊性稅務處理的，應按照《通知》第十一條規(guī)定進行備案；如企業(yè)重組各方需要稅務機關確認，可以選擇由重組主導方向主管稅務機關提出申請，層報省稅務機關給予確認。 采取申請確認的，主導方和其他當事方不在同一省（自治區(qū)、市）的，主導方省稅務機關應將確認文件抄送其他當事方所在地省稅務機關。 省稅務機關在收到確認申請時，原則上應在當年度企業(yè)所得稅匯算清繳前完成確認。特殊情況，需要延長的，應將延長理由告知主導方。
（三）存在問題：
1.相關條款已廢止?！?a style="box-sizing: border-box; word-wrap: break-word; word-break: break-all; color: rgb(0, 0, 0); text-decoration: none; outline: none; cursor: pointer; transition: all 0.2s linear 0s; background-color: transparent;">國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅征收管理若干問題的公告》（國稅總局公告2015年第48號）第十二條：本公告適用于2015年度及以后年度企業(yè)所得稅匯算清繳?！?a style="box-sizing: border-box; word-wrap: break-word; word-break: break-all; color: rgb(0, 0, 0); text-decoration: none; outline: none; cursor: pointer; transition: all 0.2s linear 0s; background-color: transparent;">國家稅務總局關于發(fā)布〈企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅管理辦法〉的公告》（國稅總局公告2010年第4號）第十六條同時廢止。
2.業(yè)務核準已取消?！?a style="box-sizing: border-box; word-wrap: break-word; word-break: break-all; color: rgb(0, 0, 0); text-decoration: none; outline: none; cursor: pointer; transition: all 0.2s linear 0s; background-color: transparent;">國務院關于取消非行政許可審批事項的決定》（國發(fā)〔2015〕27號）國務院決定取消的非行政許可審批事項目錄第四十七項：企業(yè)符合特殊性稅務處理規(guī)定條件業(yè)務的核準。
3.處理程序已變更。國稅總局2015年第48號公告第四條：企業(yè)重組業(yè)務適用特殊性稅務處理的，除財稅〔2009〕59號文件第四條第（一）項所稱企業(yè)發(fā)生其他法律形式簡單改變情形外，重組各方應在該重組業(yè)務完成當年，辦理企業(yè)所得稅年度申報時，分別向各自主管稅務機關報送《企業(yè)重組所得稅特殊性稅務處理報告表及附表》和申報資料。合并、分立中重組一方涉及注銷的，應在尚未辦理注銷稅務登記手續(xù)前進行申報。重組主導方申報后，其他當事方向其主管稅務機關辦理納稅申報。申報時還應附送重組主導方經(jīng)主管稅務機關受理的《企業(yè)重組所得稅特殊性稅務處理報告表及附表》。
（四）具體結論：
企業(yè)符合特殊性稅務處理規(guī)定條件業(yè)務的核準已被國務院取消，2015年度及以后年度的符合條件的重組業(yè)務，重組各方只需在業(yè)務完成當年辦理企業(yè)所得稅年度申報時，分別按規(guī)定向各自主管稅務機關報送報告表及相關資料。
二、西部大開發(fā)企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠案例分析
（一）案例介紹：
某企業(yè)成立于2015年4月，屬于設在西部地區(qū)的鼓勵類產(chǎn)業(yè)企業(yè)，根據(jù)《財政部、海關總署、國家稅務總局關于深入實施西部大開發(fā)戰(zhàn)略有關稅收政策問題的通知》（財稅[2011]58號）的相關規(guī)定，自2011年1月1日至2020年12月31日，可以減按15%的稅率征收企業(yè)所得稅。該企業(yè)2016年未按規(guī)定進行備案就按照15%的優(yōu)惠稅率進行了2015年度企業(yè)所得稅的申報繳納，稅務機關要求其按25%的稅率計算企業(yè)所得稅應納稅額并補繳稅款。
（二）處理依據(jù)：
《國家稅務總局關于印發(fā)<稅收減免管理辦法（試行）>的通知》 (國稅發(fā)〔2005〕129號)第五條：納稅人享受報批類減免稅，應提交相應資料，提出申請，經(jīng)按本辦法規(guī)定具有審批權限的稅務機關（以下簡稱有權稅務機關）審批確認后執(zhí)行。未按規(guī)定申請或雖申請但未經(jīng)有權稅務機關審批確認的，納稅人不得享受減免稅。
納稅人享受備案類減免稅，應提請備案，經(jīng)稅務機關登記備案后，自登記備案之日起執(zhí)行。納稅人未按規(guī)定備案的，一律不得減免稅。
（三）存在問題：
1．未按規(guī)定備案不得減免稅的文件已廢止。《稅收減免管理辦法》（國稅總局公告2015年第43號）第二十八條：本辦法自2015年8月1日起施行?！?a style="box-sizing: border-box; word-wrap: break-word; word-break: break-all; color: rgb(0, 0, 0); text-decoration: none; outline: none; cursor: pointer; transition: all 0.2s linear 0s; background-color: transparent;">稅收減免稅管理辦法（試行）》（國稅發(fā)〔2005〕129號印發(fā)）同時廢止。
2. 不得以事前核準性備案方式變相實施審批?！?a style="box-sizing: border-box; word-wrap: break-word; word-break: break-all; color: rgb(0, 0, 0); text-decoration: none; outline: none; cursor: pointer; transition: all 0.2s linear 0s; background-color: transparent;">國家稅務總局關于稅務行政審批制度改革若干問題的意見》（稅總發(fā)〔2014〕107號）第十一條：各級稅務機關應當嚴格區(qū)分行政審批和備案管理方式，不得以事前核準性備案方式變相實施審批。實施備案管理的事項，納稅人等行政相對人應當按照規(guī)定向稅務機關報送備案材料，稅務機關應當將其作為加強后續(xù)管理的資料，但不得以納稅人等行政相對人沒有按照規(guī)定備案為由，剝奪或者限制其依法享有的權利、獲得的利益、取得的資格或者可以從事的活動。納稅人等行政相對人未按照規(guī)定履行備案手續(xù)的，稅務機關應當依法進行處理。
3.未按照規(guī)定備案的可以補辦備案手續(xù)?！?a style="box-sizing: border-box; word-wrap: break-word; word-break: break-all; color: rgb(0, 0, 0); text-decoration: none; outline: none; cursor: pointer; transition: all 0.2s linear 0s; background-color: transparent;">企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策事項辦理辦法》（國家稅務總局公告2015年第76號）第十六條：企業(yè)已經(jīng)享受稅收優(yōu)惠但未按照規(guī)定備案的，企業(yè)發(fā)現(xiàn)后，應當及時補辦備案手續(xù)，同時提交《目錄》列示優(yōu)惠事項對應的留存?zhèn)洳橘Y料。稅務機關發(fā)現(xiàn)后，應當責令企業(yè)限期備案，并提交《目錄》列示優(yōu)惠事項對應的留存?zhèn)洳橘Y料。
（四）具體結論：
1.履行備案手續(xù)不是享受稅收優(yōu)惠的前提條件。稅務機關不能以未按規(guī)定備案為由剝奪或限制納稅人依法享有的權利、獲得的利益、取得的資格或者可以從事的活動。
2.未按照規(guī)定履行備案手續(xù)的，應當及時補辦備案手續(xù)。納稅人未按照規(guī)定備案的，不影響享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠，但應當及時補辦備案手續(xù)，同時提交《目錄》列示優(yōu)惠事項對應的留存?zhèn)洳橘Y料。
3.未按照規(guī)定履行備案手續(xù)的，稅務機關應當依法進行處理。對納稅人未按規(guī)定辦理備案手續(xù)的行為，屬于未按規(guī)定報送納稅資料的行為，稅務機關可依照《中華人民共和國稅收征收管理法》第六十二條：“納稅人未按照規(guī)定的期限辦理納稅申報和報送納稅資料的，或者扣繳義務人未按照規(guī)定的期限向稅務機關報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表和有關資料的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節(jié)嚴重的，可以處二千元以上一萬元以下的罰款”的相關規(guī)定進行處理。
4.應享受未享受稅收優(yōu)惠多繳稅款的，可以按規(guī)定要求退還多繳的稅款。根據(jù)《稅收減免管理辦法》第六條“納稅人依法可以享受減免稅待遇，但是未享受而多繳稅款的，納稅人可以在稅收征管法規(guī)定的期限內(nèi)申請減免稅，要求退還多繳的稅款”之規(guī)定，納稅人應享受未享受減免稅待遇而多繳稅款的，可以在稅收征管法規(guī)定的期限內(nèi)申請減免稅，要求退還多繳的稅款。